Da Madagaskar sich bereits vor 165 Millionen Jahren vom afrikanischen Kontinent abgetrennt hat, konnte sich hier eine einzigartige Flora und Fauna ausbilden. Schätzungsweise 85 Prozent der Tier- und Pflanzenarten sind endemisch - das bedeutet, sie kommen nur in Madagaskar vor.
Menabe Central nimmt aufgrund der hohen Diversität von Arten und Ökosystemen, einer hohen Anzahl endemischer Arten und der starken anthropogenen Bedrohung eine besondere Rolle im Biodiversitäts-Hotspot Madagaskar ein. In der Tiefebene entlang der Westküste befinden sich die größten verbliebenen Fragmente der dichten westmadagassichen Trockenwälder, deren laubabwerfende Vegetation Richtung Süden Menabes zunehmend durch dornenbesetzte und sukkulente Pflanzen abgelöst wird. Zudem gibt es natürliche Savannen und neben den großen Flüssen der Region (z.B. Manambolo, Tsiribihina) gibt es zahlreiche kleinere Flusssysteme. Entlang der Küste zieht sich ein Mangrovengürtel und im Meer befinden sich Koralleninseln.
Die ursprünglichen Feuchtnasenaffen wurden weltweit von höheren Primaten später verdrängt. Lemuren überlebten einzig in der Isolation von Madagaskar und sind dort zu einer diversen Tiergruppe mit zahlreichen verschiedenartigen Arten evolviert. Urspünglich vorkommende große Lemuren sind nach der Besiedelung der Insel durch den Menschen bereits ausgerottet worden. Jedoch werden regelmäßig neue Arten beschrieben, die jedoch größtenteils zum Zeitpunkt ihrer Entdeckung schon stark bedroht sind.
In den laubabwerfenden Trockenwäldern der Region Menabe gibt es acht Lemurenarten, die die Hauptattraktion für Touristen sind: neben dem tagaktiven Larven-Sifaka und dem tagsüber und nachts aktiven Rotstirnmaki (Gidro) gibt es mit einem Wieselmaki (Boenga) und vier Arten aus der Gattung der Cheirogaleiden insgesamt fünf nachtaktive Arten – darunter der kleinste Primat der Welt: Mme Berthe’s Mausmaki (Tilitilivahy), ein stark bedrohter Lokalendemit. Die anderen Cheirogaleiden sind der Graue Mausmaki (Tsidy), der Fettschwankmaki (Kelibeohy), Coquerel’s Mirza (Tanta) und der Gabelstreifenmaki (Vakihandry).
Raubtiere sind hauptsächlich durch die Fossa und den Schmalstreifenmungo vertreten, von welchen letzterer ausschließlich in einigen lauabwerfenden Trockenwäldern der Region Menabe vorkommt. Auch mehrere Arten der rein madagassischen Tenreks und der Madagaskar-Ratten kommen in Menabe Central vor - mit der madagassischen Riesnratte (Vositse) als weitere lokalendemische Art. Zahlreiche Fledermausarten finden sich in den Wäldern der Region und große Kolonien von Flughunden bevölkern die Mangroven.
Darüber hinaus beherbergen die laubabwerfenden Trockenwälder der Region Menabe eine reiche Herpetofauna, mit den farbenfrohen Chamäleons als ursprüngliche Reptiliengruppe, die in Madagaskar mit den weltweit meisten Arten vertreten ist. Sie sind bekannt für ihre Fähigkeit, die Färbung zu wechseln, für ihren charakteristischen Gang, und für ihre Augen, mit welchen sie gleichzeitig in verschiedene Richtungen schauen können. Die Madegassen haben ein ambivalentes Verhältnis zu den Chamäleons, fürchten sich vor ihnen und fassen sie nicht an. Mit den sich unabhängig voneinander beweglichen Augen sollen die Tiere sowohl in die Vergangenheit als auch in die Zukunft sehen können. Für rituelle Handlungen, die der Vertreibung böser Geister dienen, werden getrocknete Tierkörper eingesetzt.
Mit der Flachrückenschildkröte (Kapidolo) hat Menabe Central auch eine lokalendemische Reptilienart aufzuweisen. Auch zahlreiche Geckos, Echsen und Schlangen bevölkern die Wälder dieser Region, die z.T. ebenfalls mit traditionellem Glauben behaftet sind. Zudem kommt das in Madagaskar weit verbreitete Nilkrokodil auch in den Gewässern der Region vor. Trotz seiner beachtlichen Länge von bis zu 8 m sind Krokodile sehr scheu und nur selten zu Gesicht zu bekommen, hin und wieder kommt es jedoch zu tödlichen Attacken auf Kleinvieh oder Kinder.
Die reiche Vogelfauna umfasst u.a. Papageien, Nektarvögel, Ibisse, die madagassische Artengruppe der Vangas und die Weißbrust-Stelzenralle (Mesites), die außer in Menabe nur noch in wenigen weiteren Trockenwäldern im Nordwesten Madagaskars zu finden ist.
Die Pflanzenformationen der Region zeichnet sich ebenfalls durch eine hohe Vielfalt von Arten in den verschiedenen Ökosystemen und das reiche Vorkommen von endemischen Arten aus. Von der Küste bis ins Landesinnere trifft man auf folgende:
Vor allem die charakteristischen Affenbrotbäume (Baobab) prägen das Bild der Region Menabe. Affenbrotbäume sind eine sehr alte Pflanzengattung und werden aufgrund ihrer Wuchsform manchmal auch "verkehrte Bäume" genannt. Sie können bis zu 5.000 Jahre alt werden und eine Höhe von bis zu 40 m bei einem Durchmesser von bis zu 6 m erreichen.
Der Baobab kann bis zu drei Jahre ohne Wasser auskommen, weil er in seinem Stamm das Wasser speichern kann (daher der weitere Name "Flaschenbaum"). Weltweit existieren noch zehn Arten, sieben kommen ausschließlich auf Madagaskar vor, während es in Afrika nur eine einzige und in Australien zwei Arten gibt. Die Diese Bäume sind in der Lage, Wasser zu speichern, und aufgrund ihres majestätischen Aussehens werden sie als heilige Bäume verehrt.
In der Gegend von Morondava sind folgende Arten vertreten:
Weiter südlich in den Dornenwäldern kommt noch Adansonia rubostripa vor, lokal Zamena genannt. Er wird nur 4 bis 10 Meter hoch. Er weist oft sehr bizarre, zigarrenartige Formen auf. Er wirkt wie oben und unten zusammengeschnürt und in der Mitte geschwollen. Die Blüten sind gelblich und die Früchte länglich.
Die einzigartige Natur in Menabe wird formell durch mehrere Reservate geschützt, die auch einen Teil der verbliebenen Waldfläche der Region einschließen. Es gibt mehrere Arten von Schutzgebieten in Menabe: zwei Sonderreservate Andranomena (6.420 ha) und Ambohijanahary (24.750 ha) und den Kirindy Mitea Nationalpark, der neben Trockenwald und Mangroven auch die Koralleninseln vor der Küste umfasst (72.000 ha). Zudem sind die Mangroven und der Trockenwald einschließlich Süßgewässer in der Region Menabe Central seit 2015 durch die Aire Protegée Menabe-Antimena (20.9461 ha) geschützt.